במשרד קיימים ארבעה מחוזות : ירושלים , תל אביב והמרכז, חיפה והצפון ובאר שבע והדרום.
המחוזות מהווים זרוע מנחה, מבצעת ואוכפת של מדיניות המשרד והחוקים שבסמכותו במגזרי המשק השונים.
פעילותם של המחוזות הינה בעיקר בתחומים הבאים: סיוע ועידוד התעשייה והמסחר, רישוי, יבוא ויצוא,הכשרה מקצועית וטכנולוגית, הכנת המשק לשעת חרום, עידוד תעסוקת נשים, מעונות יום ומשפחתונים, פיקוח על חוקי עבודה, בטיחות וגיהות ויחסי עבודה, אכיפת חוקי הצרכנות ופקודת המשקלות והמידות.