הרשות הלאומית להסמכת מעבדות פועלת מתוקף חוק שחוקקה הכנסת. שר התעשיה והמסחר אחראי להפעלת החוק. הרשות הלאומית להסמכת מעבדות הינה תאגיד סטטוטורי המנוהל על ידי מועצה בת 7 חברים. בראש המועצה עומד נציג המועצה להשכלה גבוהה, פרופ' מרדכי שני.

הרשות בוחנת ומסמיכה מעבדות. ההסמכה מהווה כלי להערכת היכולת הטכנית של המעבדה לבצע סוגי בדיקות, מדידות וכיולים מסוימים. תעודת הסמכה של הרשות מספקת הכרה רשמית ביכולתה המקצועית של המעבדה.

מעבדות יכולות לקבל הסמכה לכל הבדיקות והכיולים שהן מבצעות או לחלק מהם בהתאם לשיקול דעתן. מעבדה המבקשת הסמכה מציגה בפני הרשות את נתוניה ומפרטת את כל הבדיקות או את הכיולים שברצונה לכלול במסגרת ההסמכה. תהליך ההסמכה כולל מבדק יסודי של כל האלמנטים במעבדה המשפיעים על דיוק תוצאות הבדיקות שהיא מבצעת. אלמנטים אלו כוללים, בין היתר, כח אדם, הכשרה מקצועית, פיקוח מקצועי, בקרת איכות, ציוד, תיעוד ודיווח תוצאות הבדיקות ובנוסף בחינת תנאי הסביבה אשר במסגרתם פועלת המעבדה.

מבדק ההסמכה כולל: בחינת מערכת האיכות המתועדת של המעבדה והנהלים המקצועיים שהיא פועלת לפיהם ומבדק במעבדה לבחינת יכולתם של עובדי המעבדה לבצע את הבדיקות או את המדידות שעבורן התבקשה הסמכה. לאחר שהוכחה היכולת של המעבדה על פי אמות המידה הבין-לאומיות, ניתנת לה הסמכה.

מעבדה מוסמכת עובדת הסמכה חוזרת כעבור שלוש שנים. בין שני מבדקי הסמכה נמצאת המעבדה בפיקוח הרשות הלאומית להסמכת מעבדות. הפיקוח מקנה לרשות אמון שהמעבדה ממשיכה לעמוד בדרישות שלפיהן הוסמכה. הפיקוח מבוסס על מבדקים יזומים ועל מבדקי פתע של הרשות במעבדה, על עריכת בדיקות או כיולים לפריטים הניתנים למעבדה על ידי הרשות וכן על ניתוח סטטיסטי של התוצאות המתקבלות על ידי המעבדה. הרשות מהווה גורם אובייקטיבי שאליו יכולים לפנות לקוחות המעבדות, אם יש להם טרוניה או תלונה באשר לתפקודה המקצועי של המעבדה.

הרשות הלאומית להסמכת מעבדות מפקחת על מתקני מחקר המבצעים עבודה פרה-קלינית לצורך רישום תרופות, מוצרי קוסמטיקה, חומרי הדברה, תוספי מזון ורעלים. הרשות מייצגת בכך את מדינת ישראל וחתומה על הסכם הכרה הדדית עם השוק האירופי. משמעות ההכרה ההדדית היא הכרה אם תוצאות המיוצרות במתקני המחקר בארץ עומדות בכללי ה- (GLP) Good Laboratory Practice. לרשות הסכם הבנות דומה עם משרד איכות הסביבה האמריקאי EPA.

הרשות הוזמנה להיות משקיפה בארגון המדינות המפותחות - OECD ובעתיד תהיה חברה מן המנין בועדת ה- OECD העוסקת GLP.

הרשות משמשת נציגתה הבלעדית של המדינה להכרה הדדית ברשויות הסמכה של מדינות אחרות או של ארגונים בין לאומיים. בדרך זו משמשת הרשות מנוף בידי המדינה לקידום הסחר הבין לאומי של ישראל.