היחידה להיטלי סחר מופקדת על ביצוע הוראותיו של חוק היטלי סחר (התשנ"א - 1991).
היחידה עוסקת בשלושה סוגי היטלים: היטל היצף, היטל משווה והיטל ביטחה.

היטל היצף הוא היטל על יבוא בהיצף הגורם נזק ממשי לענף יצרני בארץ;

היטל משווה הוא היטל המוטל על יצוא לישראל המסובסד על ידי ממשלה זרה;

היטל ביטחה מוטל, בין השאר, כאשר יש נזק רציני מיבוא לענף יצרני בארץ ובהתחשב בתועלת למשק הנובעת מהיבוא.

הטלתם של היטלים אלה מעוגנת בהסכמים בן לאומיים במסגרת ארגון הסחר העולמי (WTO) וכפופה למגבלות ולתנאים הקבועים בהסכמים אלה. כמו כן מעוגנים ההיטלים בהסכמי סחר דו-צדדיים בין ישראל לבין מדינות שונות.

המופקדים מכוח החוק על ביצוע היטל היצף והיטל משווה הם הממונה על היטלי סחר במשרד התמ"ת, הוועדה המייעצת לשר התמ"ת בעניין היטלים אלו, והשר עצמו.

על פי החוק, תלונות מוגשות לחקירת לממונה על היטלי סחר. תלונות מוגשות על ידי יצרנ/ים מקומיים, המייצגים ענף יצרני בארץ, נגד יבואנ/ים ונגד יצרנ/ים זרים בשל יבוא מוצר/ים במחירי היצף או במחיר נתמך הגורמים נזק לתעשייה מקומית. תלונה חייבת להיות מבוססת על ראיות לכאורה להיצף או סבסוד, ועליה לכלול מידע, המבוסס על נתונים (מפורטים בשאלון למתלונן), על הנזק הנגרם לתעשייה המקומית.

הממונה על היטל היצף והיטל משווה חוקר את התלונה ומעביר את ממצאי בדיקתו לוועדה המייעצת.

הוועדה מעבירה את מסקנותיה לשר התמ"ת, המחליט, לאחר ששקל את המלצות הוועדה, אם להטיל היטל על היבוא. מכוח חוק יסודות התקציב התשמ"א 1991, החלטת שר התמ"ת טעונה הסכמת שר האוצר ואישור ועדת הכספים של הכנסת.