המינהל לסחר חוץ עוסק בניהול ובניווט מדיניות הסחר הבינלאומית של מדינת ישראל. תחומי הפעילות העיקריים של המינהל כוללים פעולות לקידום היצוא, פתיחת שווקים חדשים ליצואנים ישראלים, קידום השקעות בישראל, וקידום ותחזוק הסכמי סחר מולטילטראליים ובילטראליים. המינהל לסחר חוץ מפעיל רשת מסועפת של נציגויות מסחריות בחו"ל המאוישות על ידי נספחים מקצועיים של המשרד ומהווה גורם מקשר בין המשרד ומערכת סחר החוץ הישראלית לבין הנציגים הכלכליים הזרים בארץ.